北京大学R语言教程(李东风)附录A：R Markdown文件格式

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title: "R语言简介"
author: "李东风"
date: `r Sys.Date()`
output: html_document
---

这里是正文段落。
段落中仍可以利用一般的Markdown语法，
比如在两边用双星号表示**粗体加重**，
在用两边反单撇号表示代码，如`y <- sin(x)`。

下面是一个R代码段，有文字输出：
```{r}
set.seed(1)
x <- round(rnorm(10), 2)
print(x)
```

下面是一个R代码段，有图形输出：

```{r}
plot(x)
```

下面是一个R代码段，
有富文本表格输出：

```{r}
knitr::kable(as.data.frame(x))
```

在文字段落内部也可以有代码，
比如，x的第一个元素值为`r x[1]`。

rmarkdown::render("myfile.Rmd", output_format = "html_document", encoding="UTF-8")

rmarkdown::render("myfile.Rmd", output_format = "word_document", encoding="UTF-8")

编译的实际过程

编译Rmd文件，
一般是调用rmarkdown::render()函数执行任务。
编译的第一步，
会调用knitr包的knit()函数将代码段中的程序依次运行，
结果保存为一个临时.md文件中，
图形结果暂存在单独的图形文件中，
文字结果会直接保存在临时.md文件中。
编译的第二步，
调用外部程序Pandoc将临时的.md文件转换为要求的Word、HTML等输出格式；
如果要求的输出是pdf_document，
则会调用Pandoc先将临时的.md文件转换为一个中间的.tex文件，
然后利用tinytex包调用外部的TinyTex软件将.tex文件编译为PDF结果。

Pandoc是一个功能强大的文件转换程序，
可以在多种不同的文件格式之间转换，
具有丰富的选项。
对于markdown格式，
Pandoc也提供了丰富的扩充功能，
最重要的是支持LaTeX格式的数学公式。
见21.4。

set.seed(1)
x <- round(rnorm(10), 2)
print(x)

x <- 1:10; y <- x^2; lmr <- lm(y ~ x)
co <- summary(lmr)$coefficients
print(co)

print(xtable::xtable(lmr), type='html')

library(tidyverse, 
  warn.conflicts=FALSE,
  quietly=TRUE,
  verbose=FALSE) |> 
  suppressMessages() |> 
  suppressWarnings()

代码和文本输出结果格式

R代码块和R代码块的运行结果通常是代码块原样输出，
运行结果用井号保护起来，
这样有利于从文章中复制粘贴代码。
如：

```{r}
s <- 0
for(x in 1:5) s <- s + x^x
s
```

结果为:

s <- 0
for(x in 1:5) s <- s + x^x
s

## [1] 3413

```{r prompt=TRUE, comment=''}
sum(1:5)
```

[1] 15

```{r echo=FALSE}
print(1:5)
```

## [1] 1 2 3 4 5

```{r tidy=TRUE}
s <- 0
for(x in 1:5) {s <- s + x^x; print(s)}
```

s <- 0
for (x in 1:5) {
    s <- s + x^x
    print(s)
}

## [1] 1
## [1] 5
## [1] 32
## [1] 288
## [1] 3413

```{r}
sin(pi/2)
cos(pi/2)
```

## [1] 1

## [1] 6.123032e-17

sin(pi/2)
## [1] 1
cos(pi/2)
## [1] 6.123032e-17

```{r collapse=TRUE, results='hold'}
sin(pi/2)
cos(pi/2)
```

sin(pi/2)
cos(pi/2)
## [1] 1
## [1] 6.123032e-17

options(width=80)
print(123456789001:123456789020)
##  [1] 123456789001 123456789002 123456789003 123456789004 123456789005
##  [6] 123456789006 123456789007 123456789008 123456789009 123456789010
## [11] 123456789011 123456789012 123456789013 123456789014 123456789015
## [16] 123456789016 123456789017 123456789018 123456789019 123456789020

图形选项

```{r fig.width=10/2.54, fig.height=10/2.54}
curve(exp(-0.1*x)*sin(x), 0, 4*pi)
abline(h=0, lty=3)
```

curve(exp(-0.1*x)*sin(x), 0, 4*pi)
abline(h=0, lty=3)

```{r fig.width=10/2.54, fig.height=10/2.54, out.width="80%"}
curve(exp(-0.1*x)*sin(x), 0, 4*pi)
abline(h=0, lty=3)
```

curve(exp(-0.1*x)*sin(x), 0, 4*pi)
abline(h=0, lty=3)

```{r, echo=FALSE, fig.width=10/2.54, fig.height=10/2.54, out.width="45%"}
curve(exp(-0.1*x)*sin(x), 0, 2*pi)
abline(h=0, lty=3)
curve(exp(-0.1*x)*cos(x), 0, 2*pi)
abline(h=0, lty=3)
```

par(mar = c(3, 3, 0.1, 0.1))
plot(1:10, ann = FALSE, las = 1)
text(5, 9, "Testing low level graphics")

pdf.options(height=10/2.54, width=10/2.54, family="GB1")

缓存(cache)选项

当R Markdown文章比较长，包含的R代码比较多，
或者代码段运行需要比较长时间时，
反复编译整篇文章会造成不必要的计算，
因为有些代码段并没有修改，
依赖的数据也没有改变。
knitr提供了缓存功能，
代码段选项cache=TRUE对代码段打开缓存，
允许暂存上次运行的结果（包括产生的变量、函数、文本结果和图形）
而不需要重复运行代码段。
当代码段被修改时，
缓存被放弃，
编译时重新运行代码段。

缓存这种功能需要慎重使用，
免得错误地使用了旧的结果。
另外，缓存功能现在还不够完善，
如果更新了R软件版本，
有可能缓存还依赖于老版本中的某些文件，
而这些文件已经被删除，
就会出错。
如果出现这种错误，
可以删除所有缓存文件，重新编译整个项目。

当后面的代码段需要使用前面代码段结果时，
如果前面结果改了，
后面的代码段就不能使用缓存的结果而必须重新计算。
为此，
在后面的代码段中应该加上dependson=选项，
比如dependson=c("codeA", "codeB")，
其中codeA和codeB是前面的缓存了的代码段的标签，
其结果会用在本代码段中。
也可以使用代码段选项autodep=TRUE，
knitr试图自动确定前后代码段之间的依赖关系，
每当前面的代码段改变时，
后面的用到其结果代码段也自动重新计算而不使用缓存的旧结果。

建议仅对计算一次需要较长时间的代码段使用缓存功能，
后面依赖于其结果的代码一定要加上dependson=选项。
建议代码段尽可能有标签，这样在编译失败时能马上看出失败的地点。

对于用options()、par()等改变全局设置的代码段，
应不缓存，
缓存功能不能缓存这些全局设置的修改。

为了保险起见，
可以尽量不使用缓存功能，
而是用save()功能将需要长时间结算的结果保存下来，
用load()载入然后输出到结果文档中。

### 第三章第一节标题 {#c3-s1-int}

## 摘要 {.unnumbered #abstract}

YAML元数据

可以在RStudio软件中编辑markdown文件与Rmarkdown文件，
RStudio的markdown支持来自knitr、rmarkdown、bookdown扩展包和pandoc软件，
.Rmd文件支持一些特殊的文件设置，
这些设置写在markdown文件和.Rmd文件的开头位置，
用三个减号组成的行作为开始标记与结束标记，
称为YAML元数据块(YAML meta data block)，
块后面必须用空行分隔。
元数据块中可以用“设置属性名: 设置属性值”的办法设置属性，
用缩进表示属性内容，用上下对齐的行表示多项列表。
常用属性有title(标题)、author(作者)、date(日期)、output_format(输出格式)等，如

---
title: "临时测试"
author: "李东风"
date: "2016年7月6日"
---

这三个设置会出现在转换后结果的标题部分。
RStudio的中文支持还是有时出现问题，
如果出现涉及到YAML的错误，
先将中文内容替换为英文试一试。

因为冒号:在属性设置中有特殊意义，
属性设置值如果含有冒号，
需要把整个属性值两边用单撇号界定。

属性值可以是列表或多项，例如：

---
title:  'This is the title: it contains a colon'
author:
  - name: Author One
    affiliation: University of Somewhere
  - name: Author Two
    affiliation: University of Nowhere
tags: [nothing, nothingness]
abstract: |
  This is the abstract.

  It consists of two paragraphs.
---

此例中有title、author、tags、abstract四个属性。
author属性包含两个作者，
每个作者又有name和affiliation两个属性。
tags属性是一个两项的列表。
abstract属性用管道符号|表示开头，不需要结束标志，内容缩进。

输出格式

.Rmd文件开头的YAML元数据中，
属性output选择输出的格式，
如

• html_document是HTML输出;
• pdf_document是PDF输出，通过系统中另外安装LaTeX编译系统转换；
• word_document是docx格式的Word文件输出，等等。

输出格式指定如：

output: 
  html_document: default
  word_document: default
  pdf_document: default

其中default表示该输出格式完全使用默认设置。
在输出格式没有定制设置时必须有default指定。

除了上述三种常见格式以外，
在RStudio中使用时，
还支持一种html_notebook输出格式，
这种输出格式完全在当前的R会话中运行代码块，
其Knit按钮会变成Preview按钮，
可以显示当前已有的结果到HTML窗口，
不显示未运行部分的结果。
这可以交互地人为控制代码块的运行，
因为不需要重新运行代码块，预览的速度也比较快。
其它输出格式在用Knit编译时都要在一个新的R会话中逐一运行文中的代码块。

有时需要根据编译输出目标采用不同的设置，
比如，
输出为html时可以使用HTML插件(widgets)，
而输出到PDF则不可以。
函数knitr::is_html_output()可以判断当前编译的源文件是否正在被编译为HTML，
knitr::is_latex_output()可以判断是否正在编译为LaTeX然后再转换为PDF。

另外，也可以用
knitr::opts_knit$get("rmarkdown.pandoc.to")
感知当前编译过程的目标，
对HTML类，结果为"html"，
对PDF，结果为"latex"。

输出格式设置

在每种输出格式后面还可以继续添加该输出特有属性。
如：

output: 
  html_document:
    toc: true
    number_sections: true
  word_document:
    toc: true
  pdf_document:
    toc: true

目录设置

输出格式的toc: true选项指定自动生成目录，
HTML输出、PDF输出、Word输出都支持此功能。
如：

output: 
  html_document:
    toc: true
    toc_depth: 2

上例中，html_document是output的属性，
隶属关系用缩进表示；
html_document又有自己的属性toc和toc_depth，
隶属关系用缩进表示。
属性toc: true表示要自动生成可点击的目录。
输出格式的属性toc_depth是目录包含的章节层级数。

对html_document输出，
属性toc_float: true使得生成的文档在左侧显示一个目录导览窗格。
而toc_float属性又可以指定一些属性，隶属关系用缩进表示。
toc_float的属性collapse: true表示仅展开章节第一层级，
smooth_scroll: true使得通过导览窗格跳跃时页面有平滑滚动过程显示。
用如：

output: 
  html_document:
    toc: true
    toc_float:
      collapse: true
      smooth_scroll: true

章节自动编号

输出格式的属性number_sections为true可以自动对章节编号。
HTML输出与PDF输出都支持此功能。

在章节自动编号时，
如果不是利用bookdown包而是基于基本的R Markdown，
文中的分节最高层级最好用一个井号，
对应于节，
如果用两个井号，
编号会变成0.1，0.2这样。

Word输出章节自动编号及模板功能

Word文件不能自动编号，
解决办法是生成适当的模板文件，
如wordstyle.docx,
然后在Rmd文件的元数据部分为word_document输出增加reference_docx选项，如:

output: 
  html_document:
    toc: true
    number_sections: true
  word_document:
    toc: true
    reference_docx: wordstyle.docx

这样，新编译的Rmd文件就可以采用wordstyle.docx的格式设置，
比如章节自动编号等。
目前目录标题还是英文，
需要在结果中人为地修改为中文。
一个样例模板下载如下：
wordstyle.docx

HTML特有输出格式设置

对于html_document输出类型，
可以用theme属性设置一个主题，
取值如default, cerulean, journal, flatly, darkly, readable, spacelab, united, cosmo, lumen, paper, sandstone, simplex, yeti。

用highlight属性设置程序语言语法高亮样式，
可取值有default, tango, pygments, kate, monochrome, espresso, zenburn, haddock, and textmate。
用null表示取消语法高亮。

可以用css属性指定一个自定义的CSS样式表文件。
如果希望完全用自己的样式代替原有样式，
可以设置theme: null。

code_folding属性设置HTML结果中代码折叠选项，
取值hide可以隐藏代码，
但读者通过选项可见。
取值show可以显示代码，
但读者通过选项可隐藏代码显示。

某些显示功能仅适用于HTML输出。
在使用rmarkdown、bookdown创作文章和书籍时，
因为同一源文件需要能同时支持HTML、LaTeX转换PDF，
可以在Rmd源文件开头运行命令：

is_html <- knitr::opts_knit$get("rmarkdown.pandoc.to") == "html"

这可以定义一个变量is_html，
仅在输出格式为HTML时才为TRUE，
然后在包含特殊HTML显示的代码段选项中，
加选项eval = is_html。

关于数学公式支持的设置

Rmd格式支持数学公式，
在生成的HTML、Word、PDF中都可以正常显示数学公式，
RStudio软件内部的浏览器也可以直接显示数学公式。

以HTML为输出时，
会使用MathJax库显示数学公式。
这是一个用于在浏览器中显示数学公式的Javascript程序库，
显示效果很好，
还支持多种显示实现方式，
支持包括LaTeX在内的多种数学公式输入方法。
R Markdown原来使用MathJax版本2，
现在MathJax已经发布了版本3，
有很大的改动，
我们这里应仍使用版本2。

MathJax库很大，
所以一般是从其网站按需远程调用的，
但是远程调用MathJax库在网络不畅通时会使得公式显示极为缓慢甚至无法显示，
所以Rmd允许将MathJax本地化。
在.Rmd文件头部YAML元数据的某种HTML输出格式的属性中，
设置属性mathjax: local和就可以使得MathJax库被放在生成的HTML的一个下层目录中。
设置如

output: 
  html_document:
    toc: true
    self_contained: false
    mathjax: local

注意设置mathjax: local同时必须设置self_contained: false。
在不使用本地MathJax副本时，
可以设置self_contained: true，
这使得图形文件、JavaScript代码等依赖项也打包在生成的单一HTML文件中，
如果设为false，
这些依赖文件会存放在单独文件中。
可以用lib_dir属性指定一个子目录用来存放这些依赖文件，
多个Rmd文件可以共用同一个lib_dir值。

将MathJax用mathjax: local属性本地化有明显的缺点。
这时，每个Rmd项目都需要一个MathJax库副本，
使得文件备份变得很麻烦。
下面的设置方法可以令多个Rmd项目共享一个共同的本地MathJax库。

输出设置文件

如果一个项目包含多个.Rmd文件，
每个文件单独用YAML元数据进行设置比较繁琐，
修改时也很麻烦。
可以在项目目录中增加一个_output.yml文件，
其中包含所有.Rmd文件共用的output属性的设置，
各个.Rmd文件还可以有自己单独的output属性，
.Rmd文件YAML元数据中的属性优先级高于共同设置的属性。

例如，_output.yml文件内容如下：

html_document:
  toc: yes
  number_sections: yes
  mathjax: "../../MathJax/MathJax.js"
  includes:
    in_header: "_header.html"
word_document:
  toc: yes
  reference_docx: wordstyle.docx
pdf_document:
  includes:
    in_header: preamble.tex
  latex_engine: xelatex

上面设置了使用本地硬盘的MathJax库，
位于项目目录的上两层目录中的MathJax子目录中。
这样可以使得多个项目共享一个MathJax库。
将生成的结果当作网站发布时，
只要将MathJax库也安装到项目在网站的目录的上两层的MathJax子目录中就可以。
其中_header.html内容如下，是关于MathJax具体的一些设置：

<script type="text/x-mathjax-config">
MathJax.Hub.Config({
  jax: ["input/TeX","output/SVG"],
  extensions: ["tex2jax.js","MathMenu.js","MathZoom.js"],
  TeX: {
    extensions: ["AMSmath.js","AMSsymbols.js","noErrors.js","noUndefined.js"]
  }
});
</script>

注意，
_output.yml文件都是输出设置，
所以这个文件中不能再写output属性，下面的_output.yml写法是不正确的：

output:
  html_document:
    toc: yes

TinyTex的安装使用

为了安装R的tinytex扩展包和单独的TinyTeX编译软件，
如果已经安装了其它的LaTeX编译系统需要先卸载，
否则可能有冲突，然后在R中运行：

install.packages('tinytex')
tinytex::tlmgr_repo('http://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CTAN/')
tinytex::install_tinytex()

其中上面第一行命令安装R的tinytex扩展包，
第二行将下载LaTeX编译程序的服务器设置为清华大学tuna镜像站，
第三行安装LaTeX编译程序。

如果安装成功，
TinyTeX软件包在MS Windows系统中一般会安装在
C:\Users\用户名\AppData\Roaming\TinyTeX目录中，
其中“用户名”应替换成系统当前用户名。
如果需要删除TinyTeX软件包，
只要直接删除那个子目录就可以。

为了判断TinyTeX是否安装成功，
在RStudio中运行

结果应为TRUE,
出错或者结果为FALSE都说明安装不成功。

当用户使用RMarkdown和tinytex包转换latex并编译为PDF时，
如果缺少某些latex宏包，
tinytex会自动安装缺少的宏包。

因为TinyTex与已有的其它Latex编译软件会发生冲突，
所以安装了TinyTex后用户不在Rmd中使用Latex也需要使用TinyTex这个软件。
在安装TinyTex时已经设置好了程序运行路径(PATH)，
所以在Texworks等软件中可以直接调用xelatex等编译程序，
但是可能会遇到某些latex宏包找不到的问题，
并且不能自动安装下载这些宏包，
需要用户用命令查找并下载安装。

一种安装缺失文件的方式是在R中用tinytex包搜索编译产生的.log文件，
自动安装缺少的宏包。
比如，
编译文件为C:\user\rep.log中，
可以用如下命令查找并安装缺失的宏包：

library(tinytex)
tlmgr_repo('http://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CTAN/')
parse_install("C:/user/rep.log")

另一种办法是在R中用tinytex扩展包直接搜索所需的扩展包然后安装。
比如，
latex编译错误信息提示缺少了一个dsfont.sty宏包，
可以在R中运行如下命令搜索：

library(tinytex)
tlmgr_repo('http://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CTAN/')
tlmgr_search("dsfont.sty")
## tlmgr.pl: package repository 
##   http://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CTAN/systems/texlive/tlnet (verified)
## doublestroke:
##  texmf-dist/tex/latex/doublestroke/dsfont.stytlmgr search --file --global "dsfont.sty"

结果中显示了当前使用的下载镜像网站的网址，
以及要安装dsfont.sty，需要安装的是doublestroke包。
所以：

library(tinytex)
tlmgr_repo('http://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CTAN/')
tlmgr_install("doublestroke")
## tlmgr install doublestroke
## tlmgr.pl: package repository
##   http://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CTAN/systems/texlive/tlnet (verified)
## [1/1, ??:??/??:??] install: doublestroke [66k]
## running mktexlsr ...
## done running mktexlsr.
## running updmap-sys ...
## done running updmap-sys.
## tlmgr.pl: package log updated: 
##   C:/Users/user/AppData/Roaming/TinyTeX/texmf-var/web2c/tlmgr.log

这样就安装了dsfont.sty宏包。

如下的R命令可以更新已安装的latex宏包：

library(tinytex)
tlmgr_repo('http://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CTAN/')
tlmgr_update()

如果latex系统有大幅改版，
可能会导致已安装的tinytex出错而且不能通过更新安装包纠正，
这时可以删除已安装的tinytex软件，
重新安装。
在MS Windows系统中tinytex一般安装在
C:\Users\用户名\AppData\Roaming\TinyTeX目录中，
其中“用户名”应替换成系统当前用户名。
如果需要删除TinyTeX软件包，
只要直接删除那个子目录就可以。

tinytex包的tlmgr_search()、tlmgr_install()、tlmgr_update()都是TexLive软件包中的tlmgr命令在R中的方便调用方法，
可以在命令行直接调用tlmgr命令，
参考https://www.tug.org/texlive/doc/tlmgr.html。

Rmd中Latex设置

许多LaTeX相关的YAML元数据不是设置在输出属性中，
而是设置为文件的顶级元数据。
如

---
title: "R语言简介"
author: "李东风"
date: "2023-07-27"
output: pdf_document
fontsize: "12pt"
papersize: "a5"
geometry: "margin=1in"
---

其中属性fontsize, papersize和geometry都是LaTeX选项，
但是没有作为output--pdf_document的属性，
而是作为Rmd文件的顶级元数据属性。
使用较小的纸张大小(如a5)和较大的字体(12pt)，
可以使得制作的PDF结果容易放大显示，
这对于将PDF文件传送到屏幕较小的电子书阅读器上或者手机上阅读时比较有用。

用属性documentclass指定LaTeX文档类型，
比如article是论文格式，
book是图书格式。
ctexart和ctexbook是适用于中文的格式，
但兼容性不好。

fontsize是正文字体大小，
可取10pt, 11pt, 12pt，
其中10pt是缺省大小。

geometry用来指定geometry包的参数。

默认的LaTeX编译引擎是pdfLaTeX。
可以在pdf_document输出的属性中设置latex_engine: xelatex将引擎替换成xeLaTeX。
xeLaTeX的优点是支持UTF8编码，可以使用系统中现有字体，
而我们在写中文的R Markdown文档时必须使用UTF-8编码。

Rmd文件中的文献引用可以由pandoc软件执行，
但是在用LaTeX转换PDF时，
可以指定用一个LaTeX引用包，
如：

---
output:
  pdf_document:
    latex_engine: xelatex
    citation_package: natbib
---

为了自动生成目录并自动为章节编号，
仍在pdf_document的属性中指定toc: true和number_section: true。

在使用bookdown管理Rmd文件时，
文献引用、目录、章节编号方式有另外的指定办法以及默认规则。

为了能够检查转换过程中的错误，
可以用pdf_document的属性keep_tex: true，
保留作为中间结果的.tex文件，
人工检查其中的错误。

可以在pdf_document输出的属性中指定若干个.tex文件插入到LaTeX文档的导言、正文最前面、正文最后面，如

---
output:
  pdf_document:
    latex_engine: xelatex
    keep_tex: true
    citation_package: natbib
    toc: true
    number_sections: true
    includes:
      in_header: preamble.tex
      before_body: doc-prefix.tex
      after_body: doc-suffix.tex
---

preamble.tex主要用来载入额外的LaTeX包以及定义新的命令，
一个preamble.tex的例子如下

\usepackage{ctex}     % 支持中文的标点和章节模式

%\usepackage{xltxtra} % XeLaTeX的一些额外符号

\usepackage{amsthm,mathrsfs} % 基本的ams数学公式
\usepackage{booktabs}        % 增强的表格功能
\usepackage{longtable}       % 支持超过一页的表格

% 下面是自定义的定理环境排版方法
\makeatletter
\def\thm@space@setup{%
  \thm@preskip=8pt plus 2pt minus 4pt
  \thm@postskip=\thm@preskip
}
\makeatother

install.packages("rticles")

output:
  bookdown::pdf_book
    base_format: rticles::peerj_article

Word模板制作

如果有合适的Word格式样例，
可以在YAML元数据的word_document的属性中，
设置reference_docs属性指向该模板文件。

为了制作Word模板，
不应该从头开始，
而是在没有模板的情况下从Rmd文件转换生成一个Word文件，
将其作为模板文件的基础进行修改。
在修改过程中，
应该制作过程的备份，以便修改错误时能退回上一个版本。

如果文章的大标题样式不是“标题”，
将样式改为“标题”以免在后续的自动编号过程中参与编号。
修改的方法是选中大标题，
然后在Word软件主菜单的“开始–样式”选择框中选中“标题”，
就可以设置其样式。

Word的目录是与“标题1”同级的，
这样会在自动编号时参与编号；
为此，
选中“Contents”，
然后在主菜单的“开始–样式”选择框中，
找到突出显示的“TOC标题”，
右键单击“修改”，
在弹出的对话框中将“样式基准”从“标题1”改为“标题”，
并在同一对话框中将适当调整样式，
如字体类型、大小、颜色、是否居中。
改完后保存并保存一个副本。

如果需要修改“标题”，“作者”，“日期”，“标题1”等等的字体、大小、颜色、对齐方式，
可以选中该部分，并在“样式”中右键单击相应的样式，选择“修改”进行修改，
保存样式文件并试验Rmd文件是否正确地利用了修改的样式。

为了实现自动编号，
先在正文中选中一个一级标题（不能是目录标题），
从Word的主菜单栏找到“开始——段落——多级列表——定义新的多级列表”，
在打开的对话框中点击“更多”选项，
逐一地选择“单击要修改的级别”，
将级别1、2、3等分别修改，
主要是修改“将级别链接到样式”使得”级别1“与“标题1”对应，
“级别2”与“标题2”对应，等等。
注意这个修改要一次性完成，
不能保存了文件后再次定义新的多级列表。

修改模板文件的页边距也会使得利用其为模板的Rmd文件转换结果被修改。
为了修改模板文件的页边距，
在主菜单“布局——页边距——自定义页边距”弹出的对话框中修改。

生成的目录的标题内容是“Table of Contents”，
目前只能对Rmd输出的docx文件直接修改，
修改模板文件的标题内容并不能使得Rmd输出被修改。

参考：Richard Layton的网站文章
https://rmarkdown.rstudio.com/articles_docx.html。

数学公式设置补充

如果不使用RStudio,
R扩展包rmarkdown的markdownToHTML()函数可以把含有数学公式的内容转换成可显示公式的HTML文件，
R扩展包knitr的knit2html()也可以实现此功能。
用rmarkdown扩展包的markdownToHTML()函数生成的含有数学公式的内容。

单独使用pandoc软件时，
也可以用普通文本编辑器在Markdown文件中输入LaTeX格式的数学公式，
然后用pandoc软件转化为带有数学公式的docx文件，
不需要额外选项。
但是，为了能够在转换的HTML文件中正常显示数学公式，
需要在运行Pandoc时增加运行选项--maxjax，如

  pandoc --mathjax -s -o test.html test.md

经试验，这样转化的HTML文件可以在Firefox以及Microsoft的 Edge浏览器和Internet Explorer浏览器中正常显示数学公式。
如果公式中的中文显示不正常，
对显示的公式右键单击弹出选项菜单，
选择“Math Settings–Math Renderer–SVG”或者“HTML-CSS”。